Po wybitnych pontyfikatach w XIII w., znaczonych jednak wieloma zmaganiami politycznymi o prawa dla instytucji kościelnych lub ich poszanowanie, nadszedł wreszcie czas na podsumowanie osiągnięć i zebranie owoców. Stało się to wszystko w XIV w., kiedy to biskupstwo wrocławskie zdobyło taką pozycję, jakiej nie miało żadne biskupstwo w innych dzielnicach podzielonej Polski. Wystarczy tylko wspomnieć, że jeszcze bp Wawrzyniec (+ 1232) był poddanym i całkowicie uzależnionym od swego pana-księcia, podczas gdy bp Henryk z Wierzbna (+ 1319) otwierający nową epokę, był już niezależnym biskupem-księciem, równym innym książętom śląskim, a księstwo nysko-otmuchowskie stało się na długie wieki suwerennym księstwem kościelnym. Co więcej, biskupom wrocławskim zaczęła coraz częściej przypadać rola polityczna, choć nie zawsze wiązała się ona z dobrem lokalnego Kościoła. I tak Henrykowi z Wierzbna przypadła w udziale rola opiekuna dzieci Henryka V po Bolku świdnickim oraz zarząd księstwem wrocławskim, zanim ich nie przejął Wacław czeski. Z kolei stanowisko polityczne biskupów Nankera (+ 1341) i Przecława z Pogorzeli (+ 1376) było miarodajne dla polityki polsko-czeskiej na Śląsku.

Polityka ta była niestety często sprzeczna z polską racją stanu, gdyż w wyniku fatalnego rozbicia dzielnicowego Polski, które w latach 1311/1312 doszło do zenitu, książęta śląscy coraz bardziej uzależniali się od korony czeskiej. Z końcem 1331 r. niemal wszyscy książęta dolnośląscy i opolscy byli już wasalami Czech. Ten stan odbił się także na życiu diecezjalnym, ponieważ wśród duchownych wszystkich stopni wyłoniły się trzy ugrupowania: propolskie, proczeskie i proniemieckie, które rywalizowały między sobą o wpływy i znaczenie. To siłą rzeczy wpływało na postawę duchowieństwa i rezultat pracy duszpasterskiej. Wielki wpływ na diecezję wrocławską wywarła również niewola awiniońska papieży i związana z nią schizma zachodnia.

Podobnie jak w wielu innych diecezjach, tak samo i tu upadł duch karności kościelnej, a herezje i sekty znalazły tu na jakiś czas podatny grunt rozwojowy. To właśnie na Śląsku doszło także do zatargu z kolatorami papieskimi o świętopietrze, nastąpiło rozluźnienie stosunków pomiędzy Wrocławiem i Gnieznem oraz miały miejsce długoletnie wakanse biskupie, podczas których rządy sprawowała faktycznie kapituła katedralna. Pod czeskim panowaniem nastąpiło osłabienie polityczne biskupstwa, które coraz bardziej spadało do roli zwyczajnej, takiej jaką miały inne diecezje. Jedynie przynależność metropolitalna do Gniezna, z której nie zrezygnował król Kazimierz Wielki, a w ślad za nim biskup i kapituła katedralna, dawała pewną niezależność.

Dzięki długotrwałemu pokojowi nastąpił natomiast rozkwit gospodarczy i kulturalny kraju, ktory i Kościołowi wyszedł na dobre. Tu jednak należy podkreślić szczególną rolę, jaką odegrali w tym czasie rządcy diecezji, a mianowicie Henryk z Wierzbna, Nanker i Przecław z Pogorzeli. Wprawdzie nie stanowili oni tak zwartego ciągu jak ich poprzednicy w XIII w., lecz każdy po swojemu reprezentujował niejako trzy pokolenia w XIV w., które umiało wykorzystać sprzyjającą sytuację rozwojową. Henryk z Wierzbna pochodził z magnackiego rodu śląskiego osiadłego koło Świdnicy i był krewnym lub powinowatym abpa Jakuba Świnki. Wraz z bratem Janem wchodził w skład kapituły katedralnej i za bpa Tomasza II uczestniczył w synodzie diecezjalnym w 1290 r. Wybrany biskupem w 1301 lub na początku 1302 r. pierwszą Mszę św. odprawił podczas zjazdu biskupów polskich we Wrocławiu. Uczestniczyli w niej abp Jakub Świnka - główny konsekrator Henryka i jego sufragan bp Paweł ze Skopoli, bp Gerward kujawski i Jan Lubuski.

Pasterzowanie bpa Henryka przypadło jenak na trudne lata pomiędzy dwoma koronacjami - Wacława czeskiego w 1300 i Władysława Łokietka w 1320. Wówczas pojawił się problem granic między Polską i Czechami oraz wpływów na Śląsku. Król czeski Wacław II widział w bpie Henryku swego sprzymierzeńca. I miał ku temu słuszne podstawy, gdyż to on właśnie w imieniu abpa mogunskiego a za zgodą gnieźnieńskiego koronował w Pradze 1303 r. żonę Wacława II Elżbietę Ryksę Przemysławównę. Wziął także w obronę bpa krakowskiego Muskatę w sporze z metropolitą gnieźnieńskim Jakubem Świnką. Do kapituły katedralnej wprowadził szereg osób orientacji proczeskiej lub proniemieckiej. Te fakty sprawiają, że historiografia niemiecka uważa w ogóle bpa Henryka za pierwszego Niemca na stolicy biskupiej we Wrocławiu.

Sprawiedliwie należy przyznać, że bp Henryk z Wierzbna był znakomitym i energicznym organizatorem pracy kościelnej. Dwukrotnie zwoływał synody diecezjalne w 1305 i 1316 r. Zadbał o usprawnienie zarządu diecezją i majątkiem kościelnym, o umocnienie dyscypliny wśród duchowieństwa i jego wykształcenie oraz o podniesienie poziomu życia religijnego wiernych. Dzięki niemu w 1307r. ustanowiono we Wrocławiu stałą sufraganię, na którą powołano wówczas na biskupa pomocniczego Pawła Bancza (1307-1323), cystersa z lubiąskiego klasztoru. Za jego rządów został sporządzony zbiór statutów synodów metropolitalnych. Dorobek zaś i diecezjalne tradycje liturgiczne zostały ujęte w najstarszej agendzie Kościoła wrocławskiego w tzw. Liber agendarum ecclesiae Wratislaviensis. Polecił sporządzić dokładny inwentarz własności biskupiej i wszystkich dochodów stołu biskupiego w tzw. Liber fundationis episcopatus wratislaviensis. Powołał również sąd inkwizycyjny, który wydał m.in. wyroki w 1315 r. przeciwko heretykom i wówczas zapłonęły także stosy w Świdnicy i w Nysie.

Za bpa Henryka były kontynuowane także prace przy wznoszeniu obecnej katedry wrocławskiej. Z niewyjaśnionych do dziś przyczyn został ekskomunikowany i powołany przed sąd papieski do Awionionu, gdzie przebywa cztery lata: 1310-1314. Stamtąd wrócił bardzo upokorzony, ale jeszcze bardziej zatroskany o sprawy diecezji. Zmarł 23 września 1319 r., nie zostawiając żadnego mienia osobistego. Pochowany został w prezbiterium katedry wrocławskiej. Zmiany personalne w kapitule, jakie dokonały się na skutek nominacji bpa Henryka z Wierzbna stały się niestety powodem niezgodnej elekcji i w jej następstwie doszło aż do siedmioletniego wakansu (1319-1326). Część kapituły wybrała na biskupa Wita, a część głogowskiego scholastyka Lutolda. Po długotrwałym procesie obydwaj zrezygnowali z praw i papież Jan XXII na życzenie Władysława Łokietka przeniósł do Wrocławia biskupa krakowskiego Nankera (1326-1341). Rządy jego przypadły na ciężki okres panowania Luksemburgów na Śląsku.

Bp Nanker herbu Oksza, należy do najwybitniejszych postaci polskich w średniowieczu na tronie biskupim we Wrocławiu. Wywodził się z rycerskiego rodu Kołdów osiadłego we wsi Kamień pod Bytomiem. W 1304 r. wchodził w skład kapituły katedralnej w Krakowie. W l. 1305-1307 studiował prawo kanoniczne w Bolonii. Był proboszczem w kościele mariackim, archidiakonem sandomierskim i kanclerzem sieradzkim. W 1320 r. wybrany przez kapitułę biskupem krakowskim, rozpoczął budowę katedry wawelskiej i dokonał kodyfikacji prawa kościelnego. Przeniesiony do Wrocławia w okresie pełnym napięć, opowiedział się zdecydowanie za polską racją stanu na Śląsku. Wówczas to zakończył się okres niepodległości i swobody dla księstw i książąt śląskich, którzy przechodzili do związku lennego względem Korony Czeskiej hołdując kolejnym królom Wacławowi II, Wacławowi III i Janowi Luksemburczykowi. Za jego pontyfikatu Kazimierz Wielki zrzekł się ostatecznie praw do Śląska i tym samym bp Nanker stał się pierwszym biskupem Śląska należącego do Korony Czeskiej.

W swych dążeniach bp Nanker był osamotniony, gdyż nie miał poparcia w kapitule katedralnej, która w większości była o nastawieniu proniemieckim, ani wśród skłóconego duchowieństwa. We Wrocławiu pojawiły się trudności, które zarysowały się już wcześniej bo w 1325 r. Wówczas to przybyli na Śląsk kolatorzy papiescy celem zebrania świętopietrza od wiernych, a od duchowieństwa wyznaczone uchwałami soboru w Vienne dziesięciny na cele wyprawy do Ziemi Świętej. Tymczasem mieszczanie wrocławscy zbuntowali się i w 1328 r. zmusili legata oraz biskupa do ucieczki do Nysy. Dopiero po kilku miesiącach doszło do zażegnania sporu. Odtąd biskup zajął się bardziej porządkowaniem kościelnego prawodawstwa, reformą życie religijnego duchowieństwa i wiernych.

Przy znacznym poparciu biskupa od 1330 r. na terenie diecezji rozpoczął działalność jako inkwizytor dominikanin Jan Svenkenfeld. Rozpatrzył on m. in. sprawę świdnickich beginek oraz sprór biskupa z radą miejską o prawa kościelne. Ta ostatnia sprawa stała się powodem do zamachu na życie inkwizytora w Pradze w 1341 r. Niebawem powróciły także spory o świętopietrze i o biskupi zamek w Miliczu, który nieprawnie zajął w 1339 r. Jan Luksemburski. Bp Nanker na te akty przemocy odpowiedział surowymi karami kościelnymi: ekskomunikował króla i radę miejską. Scenę z ekskomunikowania króla przedstawiono bardzo pięknie na płaskorzeźbie alabastrowej z 1719 r. umieszczonej na drugim filarze po prawej stronie od wejścia głównego katedry. Wówczas podjęto także starania o beatyfikację bpa Nankera, która niestety do dziś nie została sfinalizowana. Kolejne spory sprawiły, że biskup musiał znowu szukać schronienia w Nysie, gdzie zmarł 8 IV 1341 r. w opinii świętości. Szczątki jego pochowano w katedrze wrocławskiej. Po śmierci bpa Nankera nastąpiły nowe czasy i układy.

Dziwnym zbiegiem wypadków niemal wszystkie ważniejsze osobistości, które w kościelnych losach Śląska odgrywały znaczącą rolę, zeszły równocześnie z areny dziejowej. Najpierw bp Nanker, po nim inkwizytor Svenkenfeld zamordowany w Pradze w 1341 r., papież Benedykt XII, który zmarł w 1342. Jeszcze w 1341 r. złożył swój urząd starosta Konrad von Falkenhain, a rada miejska we Wrocławiu została odnowiona. Król Jan po utracie wzroku oddał w 1342 r. rządy nad Czechami i Śląskiem synowi Karolowi. Na miejsca dawnych ludzi wchodzili nowi, z których najważniejszą postacią był nowowybrany bp Przecław z Pogorzeli (1342-1376). Wyboru dokonano po licznych tarciach i dysputach, nie jak zwykle we Wrocławiu, ale w Nysie. Wybrano Przecława z Pogorzeli, rodowitego Ślązaka, który był człowiekiem młodym i w czasie wyboru przebywał na studiach w Bolonii. Nie był więc jeszcze uwikłany w trwające od lat konflikty diecezjalne.

Papież Benedykt XII znając kwalifikacje elekta zatwierdził jego wybór i w 1342 r., mimo iż wcześniej sprzeciwił się tej elekcji abp gnieźnieński Janisław, odmawiając także kandydatowi konsekracji biskupiej. Przecław odwołał się wobec tego do papieża i otrzymał sakrę biskupią w Awinionie. Nowy biskup wyniesiony na to stanowisko za wyraźną aprobatą Korony Czeskiej, zobowiązał się stanąć na straży układów lennych, zawartych dotychczas pomiędzy Królestwem Czeskim a książętami śląskimi, uznawał także prawo Jana Luksemburskiego i jego spadkobierców do wyłącznego patronatu nad diecezją wrocławską. Zamki biskupie otworzył wojskom czeskim, a króla zwolnił od kar kościelnych.

Następca Jana Luksemburskiego Karol ze swej strony potwierdził wszystkie przywileje nadane Kościołowi wrocławskiemu od czasów Henryka Brodatego oraz przyrzekł bronić praw, swobód i mienia osób duchownych. Zwrócił też zamek milicki, który biskup przekazał później kapitule katedralnej. Nastąpiło również pojednanie biskupa z wrocławską radą miejską. Rajcy procesjonalnie w szatach pokutnych, boso przybyli z ratusza do kościoła św. Wojciecha, aby przeprosić biskupa. Spory zostały zażegnane i przed bpem Przecławem otworzyły się możliwości pozytywnej pracy dla dobra diecezji. Uznanie realiów politycznych nie przeszkodziło bpowi Przecławowi i jego kapitule przeciwstawić się zdecydowanie luksemburskiej dyplomacji usiłującej włączyć biskupstwo wrocławskie do nowo utworzonej metropolii w Pradze. W związkach z Gnieznem widzieli bowiem szansę na zachowanie, przynajmniej formalnie, niezależnej pozycji Kościoła wrocławskiego, odrębości kulturowej i tożsamości ziemi Przecław z Pogorzeli powiększył posiadłości kościelne przez zakup w 1344r. Grodkowa od księcia Bolesława z Brzegu. Nieco później nabył także zamki w Paczkowie i Kaldenstein, powiększając tym samym obszar księstwa biskupiego. Nie szczędził też wydatków na wyposażenie i przyozdobienie katedry.

Dziełem bpa Przecława było ukończenie budowy gotyckiej katedry oraz wzniesienie od strony wschodniej kaplicy Najśw. Maryi Panny, w której grupa dwunastu duchownych śpiewała codziennie oficjum o Matce Bożej. W kaplicy tej został później pochowany, a jego marmurowy sarkofag z końca XIV w. jest jednym ze wspanialszych zabytków sztuki. W diecezji biskup wprowadził święto św. Jadwigi. W Nysie ufundował dwa przytułki: św. Józefa dla mężczyzn i św. Barbary dla kobiet. Za jego rządów na terenie diecezji wrocławskiej osiedlili się karmelici, kartuzi i paulini, którzy przyczyniali się swoją pracą do podniesienia poziomu życia religijnego wśród wiernych.

W Brzegu książę Ludwik I ufundował w 1368 r. kolegiatę św. Jadwigi przy kaplicy zamkowej, a jego brat Wacław I założył w 1354 r. w Legnicy kolegiatę Bożego Grobu. Wspólnie zaś założyli w Legnicy klasztor dla benedyktynek w 1348 r. W listopadzie 1351 r. we Wrocławiu spotkali się cesarz Karol IV i Kazimierz Wielki. Na pamiątkę tego spotkania został wzniesiony kościół św. św. Stanisława, Wacława i Doroty, przy którym Karoł IV dał początek klasztorowi augustianów-eremitów. Czas rządów bpa Przecława z Pogorzeli uznany został w historiografii kościelnej za "złoty wiek" biskupstwa wrocławskiego. Osiągnięcia polityczne, gospodarcze i kulturalne nie mogły jednak przysłonić perspektywy rysującego się coraz bardziej upadku biskupstwa, który nastąpił w latach następnych.