Po latach terroru i zastraszania, w 1956 r. nastąpiła odwilż, znana jako odwilż październikowa. 28 X 1956 r. wrócił z miejsca odosobnienia w Komańczy Prymas Wyszyński, który jeszcze przed zawarciem nowego porozumienia między rządem polskim i Kościołem (8 XII 1956 r.) uzyskał zgodę na obsadzenie siedzib biskupich przez prawowitych ordynariuszy. W wyniku zaś porozumienia powołano Komisję Wspólną przedstawicieli episkopatu i rządu, pozwolono na wprowadzenie religii do szkół, bpa Kaczmarka zwolniono z więzienia, wydano dekret o organizowaniu i obsadzaniu stanowisk kościelnych. W związku z tym rządy w diecezji wrocławskiej objął bp Bolesław Kominek, były administrator apostolski w Opolu, który w wyniku usunięcia go w 1951 r. z administratury apostolskiej w Opolu mógł przyjąć potajemnie sakrę biskupią dopiero 10 X 1954 r. w Przemyślu. Po uroczystym ingresie do katedry wrocławskiej, 16 XII 1956 r., w którym uczestniczyło tysiące wiernych, nowy rządca rozwinął ożywioną działalność duszpasterską na ziemi dolnośląskiej, kładąc szczególny nacisk na właściwy podział parafii, odbudowę zniszczonych kościołów, rozwój kultu maryjnego, wychowanie młodzieży i odpowiednią formację intelektualno-duchową kapłanów. Odciął się zdecydowanie od upolityczniania Kościoła, podkreślając już na początku swych rządów ścisły związek ze Stolicą Apostolską oraz służebną misję wobec narodu polskiego. Konsekwentnie dążył także do pełnej integracji ziem zachodnich z macierzą i uregulowania na tych terenach kościelnej administracji pod względem prawnym. Nominacja bpa Kominka na rządcę rozległej diecezji wrocławskiej była nie na rękę miejscowym władzom politycznym, ponieważ zapowiedział on iż "trzeba przepędzić zło, jakie wdarło się w struktury kościelne" w latach minionych. Bp Kominek dokonując szereg zmian, w tym także personalnych, od samego początku niczego i nikogo nie ustawiał na pozycji spalonej. Miał poczucie sprawiedliwości i wierzył głęboko w możliwość poprawy duszy ludzkiej, zwłaszcza kapłańskiej. Po dokonanych zmianach i przeniesieniach powoli wszystko wróciło do normy, a tym samym do prawdziwej posługi duszpasterskiej. Już na początku pojawiły się jednak trudności, gdyż władze państwowe po pierwszych ustępstwach czyniły wszystko, aby wyeliminować religię ze szkół. Bp Kominek zachęcał natomiast księży, by objąć nauką religii wszystkie szkoły, co wywołało prawdziwe zaniepokojenie władz politycznych. Tym bardziej, że dla usprawnienia pracy katechetycznej w szkołach, bp Kominek powołał 5 VI 1957 r. Katolicki Instytut Naukowy we Wrocławiu kształcący katechetów na wszystkich stopniach nauczania, zaś 1 IX 1957 r. mianował 36 wizytatorów powiatowych nauki religii. Stąd już od 1959 r. zaczęto pilniej obserwować poczynania bpa Kominka i podobnie jak innych rządców diecezji polskich, szykanować bezpośrednio lub pośrednio. Wycofywano więc religię ze szkół, zabierano obiekty kościelne, odmawiano paszportu na wyjazd zagraniczny, czy też powoływać alumnów seminarium duchownego do wojska.

Bp Kominek zatroskany o powierzoną mu diecezję, nie zrażał się trudnościami, lecz starał się o to, aby widziano ją nie tylko w lokalnym wymiarze, lecz także ogólnokościelnym. Stąd czynił wszystko, aby doprowadzić do jej prawnego unormowania i stabilizacji jej struktur. Wykorzystywał więc wszelkie możliwości i okazje prowadzące do tego celu. W kwietniu 1960 r. wraz z bpem Edmundem Nowickim z Gdańska udał się do Rzymu, gdzie osobiście przedstawili papieżowi Janowi XXIII sytuację Kościoła na ziemiach zachodnich i północnych. Wówczas bp Kominek wystąpił ze śmiałą, niekonwencjonalną inicjatywą wygłoszenia w radio watykańskim cyklu konferencji poświęconych Kościołowi na ziemiach zachodnich. Projekt ten doszedł do skutku wiosną 1963 r. Wówczas to w siedmiu konferencjach nazywał rzeczy po imieniu, a więc ziemie zachodnie ziemiami polskimi, Wrocław - Wrocławiem, Olsztyn - Olsztynem i operował danymi statystycznymi polskich osiągnięć w odbudowie, rozwoju gospodarczym, w zaludnianiu miast i wsi. Cały ciężar gatunkowy tych wywodów był skierowany bezpośrednio przeciw fałszywej propagandzie szowinistycznej na Zachodzie. Znając Niemców nieraz lepiej aniżeli oni samych siebie, stawiał im wyraźne wymagania, że "granica na Odrze i Nysie musi być najpierw uznana, ażeby móc ją potem rozluźnić. Dla swoich poglądów nie musiał zjednywać wielkich Europejczyków, gorzej było z pretensjami ziomkostwa niemieckiego. Ale i tych potrafił uspokajać właścviwymi argumentami.

19 III 1962 r. bp Bolesław Kominek został mianowany arcybiskupem, wprawdzie nadal jeszcze tytularnym, in partibus infidelium, arcybiskupem we Wrocławiu zamiast wrocławskim, ale podjęte wysiłki odnośnie stabilizacji Kościoła na ziemiach zachodnich przynosiły konkretne owoce. Tym bardziej, że w październiku 1962 r. rozpoczął się Sobór Watykański II i wówczas w czasie audiencji udzielonej biskupom polskim papież Jan XXIII wypowiedział znamienne słowa o polskości ziem zachodnich po wiekach odzyskanych. Katalogi zaś soborowe, bez żadnych zastrzeżeń, umieściły biskupów ziem zachodnich i północnych pośród członków Episkopatu Polski. Obrady soborowe stały się także okazją do licznych spotkań z biskupami niemieckimi z ówczesnej NRD i RFN, podczas których można było przedyskutować niektóre bardzo delikatne sprawy natury kościelnej i politycznej. Konkretnych rozwiązań spodziewano się w 1966 r. Wówczas to z okazji milenium chrztu Polski, pod koniec soboru watykańskiego II, wystosowano do episkopatów całego świata zaproszenie na kościelne uroczystości milenijne.

Do episkopatu niemieckiego wystosowano ponadto orędzie, w którym mowa była o przebaczeniu i pojednaniu. Orędzie to, którego autorem był abp Kominek, wywołalo wielką wrzawę w polskich kołach politycznych, którą wyrażano w krytyce polskiego episkopatu i masowo powielanych hasłach propagandowych "nie zapomnimy - nie przebaczymy". Abp Kominek wystąpił wówczas w obronie orędzia i wszystykim krytykom przy aplauzie wypełnionej po brzegi katedrze wrocławskiej i placu katedralnego udowadniał, że ktokolwiek zwalcza orędzie o pojednaniu z sąsiednim narodem niemieckim, uderza w twarz polską rację stanu. Czas potwierdził słuszność tamtej wypowiedzi.

W sierpniu 1965 r. abp Kominek był gospodarzem uroczystości 20-lecia polskiej organizacji kościelnej na ziemiach zachodnich. Do Wrocławia zjechał wówczas cały episkopat polski z prymasem Wyszyńskim na czele. Wyrażone wówczas w czasie wystąpień zdania prymasa Wyszyńskiego i abpa Kominka znalazły się później w głośnym memorandum niemieckiego Kościoła Ewangelickiego, postulującym ostateczne uznanie granicy na Odrze i Nysie przez RFN. Roztrzygnięcie tych kwestii w skali międzynarodowej przyniósł rok 1970, kiedy to 7 grudnia został podpisany układ warszawski między Polską i RFN, a po jego ratyfikacji nic już nie stało na przeszkodzie formalnej stabilizacji polskiej organizacji kościelnej na ziemiach zachodnich i północnych. Papież Paweł VI, bullą z 26 VI 1972 r. Episcoporum Poloniae coetus uregulował stosunki kościelne w Polsce zatwierdzając powołane po wojnie nowe diecezje i powołując dla nich pełnoprawnych ordynariuszy. Wówczas abp Kominek został mianowany polskim arcybiskupem metropolitą wrocławskim, któremu podporządkowano diecezję opolską. 5 III 1973 r. na specjalnym konsystorzu w Rzymie abp Bolesław Kominek otrzymał biret kardynalski i paliusz. Po uroczystości nadania purpury kardynalskiej, papież Paweł VI skierował do licznej delegacji z archidiecezji wrocławskiej niezwykle ciepłe i życzliwe słowa. Niestety, w rok później, kardynał Kominek złożony ciężką chorobą, zmarł 10 III 1974 r. w niedzielę rozpoczynającą rok jubileuszowy 1975. Po uroczystościach żałobnych w kościele NMP na Piasku i katedrze wrocławskiej, został pochowany wśród diecezjan, w podziemiach katedralnej kaplicy św. Kazimierza.

Rządy, tego pierwszego po wiekach biskupa polskiego, były niezwykle owocne. Wystarczy tylko wspomnieć stabilizację polskiej organizacji kościelnej na ziemiach zachodnich i północnych oraz powołanie do życia szeregu instytucji o charakterze duszpasterskim i naukowym. Na szczególną uwagę zasługuje utworzone w 1964 r. Akademickie Studium Teologiczne, przemianowane później na Papieski Fakultet Teologiczny, posiadający prawo nadawania stopni naukowych. Od 1971 r. Papieski Fakultet Teologiczny organizuje co roku Wrocławskie Dni Duszpasterskie oraz sympozja naukowe omawiające aktualną problematykę teologiczną i społeczną. Reaktywował działalność wydawniczą Wrocławskiej Księgarni Archidiecezjalnej. Założył periodyk naukowy Colloqium Salutis - Wrocławskie Studia Teologiczne. Z udziałem episkopatu polski zorganizował uroczystą sesję naukową poświęconą dwudziestoleciu poslkiej organizacji kościelnej na ziemiach zachodnich i północnych, obchody 1000-lecia Chrztu Polski oraz nawiedzenia kopii obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej. Przyczynił się do ożywienia ruchu pątniczego w sanktuarium maryjnym w Bardo Śl., oraz sanktuarium patronki Śląska św. Jadwigi w Trzebnicy i bł. Czesława we Wrocławiu. W drugim roku swoich rządów w diecezji wrocławskiej przyjął ambitny plan odbudowy wszystkich zrujnowanych świątyń na 1000-lecie Chrztu Polski, to jest do roku 1966. Realia okazały się jednak trudniejsze i odbudowa świątyń przeciągnęła się na dalsze lata. Do roku 1972 r. odbudowano około 280 kościołów. W 1967 r., mimo ogromnych utrudnień ze strony władz państwowych, podjął starania o budowę nowych świątyń, plebanii i sal katechetycznych, przede wszystkim w nowych osiedlach miejskich. W związku z tym pisał odezwy i listy pasterskie, zachęcał wiernych do ofiarności, a duszpasterzy do wytrwałości. Celem usprawnienia posługi biskupiej w rozległej diecezji wrocławskiej, poprosił Stolicę Apostolską o biskupów pomocniczych. Nominacje takie za jego rządów otrzymało czterech kapłanów: Andrzej Wronka w 1957 r., Wincenty Urban w 1959 r., Paweł Latusek w 1961 r. i Józef Marek w 1973 r.

Kardynał Kominek zabiegał także o zwrot siedziby arcybiskupów wrocławskich, zamienioną po wojnie na Instytut Niskich Temperatur. Niestety, władze państwowe odmawiały mu przez szereg lat, choć z okazji 70. rocznicy urodzin zaproponowały mu order Polonia Restituta. Wobec odmowy przyjęcia tego odznaczenia, następnego dnia po urodzinach przewodniczący WRN miasta Wrocławia przysłał mu oświadczenie o zwrocie rezydencji, który nastąpił jednak dopiero w 1989 r.

Podsumowując najkrócej lata rządów kardynała Kominka w diecezji wrocławskiej trzeba powiedzieć, iż były one wyjątkowo trudne, ale też i wyjątkowo znaczące dla dalszego rozwoju Kościoła na tym terenie.